建物は鉄骨スレート造り平家建て延べ3,720m2で、50〜100トン内外の大型水槽やワムシの高密度培養自動給餌システム、水質モニタリングシステム、自動底掃除システムなど各種の省力化システムが備わった魚類飼育スペースと、20トン型巡流水槽や２段式水槽、FRP水槽などを配置した介類飼育スペースから成り、この他に介類の幼生を飼育する「幼生飼育室」、餌料プランクトンの培養を行う「餌料培養室」、仔稚量の観察、測定を行う「観察測定室」、「機械室」などがあります。
沿岸漁業や養殖業の発展に 欠かせない種苗づくり 栽培漁業や養殖漁業を振興するためには、大量の種苗（稚魚や稚貝）が必要になります。このセンターでは有用な水産生物の種苗を効率的につくる技術の研究を行っています。 ■魚類科 養殖用新魚種として有望なマハタや栽培対象新魚種として期待されるホシガレイ等魚類の種苗生産技術の開発試験を行っています。また、その技術を県内の種苗生産機関へ円滑に移管するため、生産技術のマニュアル化や技術指導を行っています。 ■介藻類科 増養殖対象種として有望なクマサルボウやトコブシ等貝類の種苗生産技術の開発や増養殖技術の開発試験を行っています。また、有用藻類の増殖技術開発や磯焼けの原因究明と藻場回復技術の開発試験等も行っています。
